白城医学高等专科学校始建于1958年，当时隶属省卫生厅。1962年下放地方并调整为中专。1985年以来，先后与原白求恩医科大学等三所高校开展联合办学。1998年晋升为省部级重点校，1999年晋升为国家级重点示范校。2001年与吉林大学共建吉林大学白城医学院，2002年白城粮食学校并入，2004年经教育部批准恢复专科学校。同年6月，原白城铁路医院划归学校作为附属医院。2011年12月经省政府批准上划省管，成为吉林西部、大兴安岭南麓片区唯一一所省属医学类高等专科学校。2013年，学校以优异成绩通过教育部人才培养第二轮评估。学校已有近60年的办学历史。